Az iskolák, óvodák eltérő adottságait szem előtt tartva már a kert tervezési fázisában fontos kijelölni azokat a célokat, amiket az iskolakertek létesítésével szeretnénk elérni. Egy kisvárosi, vagy falusi iskola, óvoda egészen más adottságokkal rendelkezhet, mint akár hasonló pedagógiai programmal rendelkező nagyvárosi társai. A rendelkezésre álló terület, a kert gondozásának lehetséges módjai, a rendelkezésre álló eszközök tekintetében nagyon eltérő adottságú helyszínek jöhetnek szóba. A célok azonban sok esetben azonosak lehetnek, még oly különböző adottságokkal rendelkező intézmények esetén is.

A legkorábbi iskolakert mozgalmaknak az elsődleges célja a biológia, környezetismeret oktatás anyagának előteremtése volt. Ez a most létesülő iskolakerteknél is az egyik elsődleges cél. Különösen hangsúlyosan jelenik meg ez az igény az általános iskola felső tagozataiban, és a gimnáziumokban. A tankertek a kísérletek, növénymegfigyelések számára is ideális helyszínt biztosítanak.
Fogalmakból valóság
Gyakorló pedagógusok előtt ismert, hogy egyes elvont fogalmak megértése milyen nagy erőfeszítést igényel a gyermekek részéről. Milyen különbség van például a talaj, mint elvont fogalom és a tapintható, szagolható termőföld között. Ami lehet száraz, vagy nedves, ami különböző szemcsékből áll, és ha dolgozunk vele, akkor piszkos lesz tőle a kezünk. Az iskolakert létesítésének célja lehet a tanulók fogalomvilágának tágítása. Ez különösen fontos lehet  az iskola- előkészítős óvodásoknál, és az általános iskola alsó tagozataiban.
Környezetvédelem
A tanulók ökológiai ismereteinek bővítésében, a környezetvédelemben, a biodiverzitás megismertetésében szintén hasznos segítőtársnak bizonyulnak a tankertek. Az egymás mellett, és egymással kölcsönhatásban élő növény és állatvilág személtetése, az egymásra gyakorolt pozitív, vagy akár negatív hatásuk bemutatására is remek teret nyújtanak az iskolakertek.
Személyiségfejlesztés a szabadban
Fontos cél, amit majdnem minden típusú iskolakertnél kiemelhetünk, a közös alkotás, az egymás figyelembevételével létrehozott munka. Egy osztály szociális klímájának ideálissá tételében is jelentős szerepe lehet a tankertnek és az ott, közösen végzett munkának. Összességében tehát elmondható, hogy az iskolakerti munka tanulók szociális formálását is jótékonyan befolyásolja.
A kerti munka gyógyhatása
A kertben végzett munkának gyógyhatása is lehet. A gyermekekben felgyülemlett zavar, agresszió, félelem a kerti munka során felszívódik, vagy szelepre talál. A jó levegőn, a szabadban végzett munka a gyermekek személyiségfejlődésére is pozitív hatással lehet.
Szabadidő hasznosítás
Mindezek mellett az iskolakert a szabadidő hasznosításban is fontos szerepet játszhat. A mai egész napos iskolai jelenlét tartalommal való megtöltéséhez, a tanár-diák kapcsolatok személyessé tételéhez is jó eszköz a virágzó, üde tankert.

A fent felsoroltakon kívül leleményes pedagógusok számos egyéb tartalommal is megtölthetik az iskolakertben végzett munkát, ami a mai, gyakorlattól gyakran elrugaszkodott, túlzottan elméleti oktatásban nagy segítséget jelenthet a mind a diákok, mind az őt oktatók számára.